بر این اساس پنجره واحد گمرکی وسامانه جامع گمرکی در کمتر از یک دقیقه پاسخ هر استعلام را از طریق پیامک و بدون دخالت عوامل انسانی و به صورت اتوماتیک در اختیار واحد استعلام‌کننده قرار می‌دهد که بخش عمده‌ای از این محموله ها به ظن قاچاق در بررسی کنترل تردد حامل‌ها توقیف و جهت تعیین تکلیف، مأموران نیروی انتظامی از طریق پنجره واحد گمرکی و سامانه جامع گمرکی موضوع را استعلام می‌کنند.
قبل از راه‌اندازی سامانه جامع گمرکی و پنجره واحد تجارت فرامرزی فرآیند استعلام محموله‌هایی که به ظن قاچاق توقیف می‌شدند به صورت دستی و کاغذی انجام می‌شد که این موضوع علاوه بر زمان بر بودن امکان جعل و سوءاستفاده از اسناد کاغذی را فراهم می‌کرد.
یکی از مهمترین خدمات سامانه جامع گمرکی و پنجره واحد تجارت فرامرزی به امر مبارزه با قاچاق کالا، حذف پروانه‌های کاغذی و جایگزینی پروانه‌های الکترونیکی بود و با این اقدام احتمال جعل و سوءاستفاده از پروانه‌های گمرکی به صفر رسیده است.
ثبت الکترونیکی تمامی فرآیندها از جمله اظهار صاحب کالا، مجوزهای سازمان‌های همجوار، اظهارنظر ارزیاب، کارشناس، ارزش‌گذاری، تعرفه کالایی و حتی مقصد بارگیری، پلاک کامیون، مشخصات راننده و انبار مقصد از دیگر قابلیت‌های این سامانه است که حتی پس از ترخیص محموله نیز امکان پیگیری سیستمی تخلفات احتمالی را فراهم می‌کند.